All’alba di sabato 16 ottobre 1943, giorno festivo per gli ebrei, scelto appositamente per sorprenderne il più possibile, 365 uomini della polizia tedesca, coadiuvati da quattordici ufficiali e sottufficiali, rastrellarono gli appartenenti alla comunità ebraica romana. Nessun italiano fu ritenuto abbastanza fidato da Kappler per partecipare all’azione. Un centinaio di uomini circa fu destinato all’operazione all’interno del ghetto e i rimanenti nelle altre zone della città.
La Gestapo operò prima bloccando gli accessi stradali e poi evacuando un isolato per volta e radunando man mano le persone rastrellate in strada.
Fra le 5.30 e le 14.00 di quel sabato, furono rastrellate 1.259 persone, molte di loro ancora vestite per la notte. Tutti vennero caricati su camion militari coperti da teloni e trasportati provvisoriamente presso il Collegio Militare in via della Lungara; rimasero nei locali e nel cortile per circa trenta ore. Tra essi vi fu anche un neonato, partorito il 17 ottobre da Marcella Perugina che aveva 24 anni.
Furono rilasciate 237 persone perchè identificate come cittadini stranieri (uno di nazionalità vaticana), o risultati di razza ariana, o figli e componenti di unioni miste (in riferimento alle complicate leggi razziali italiane). Rimase nel gruppo una donna cattolica che si dichiarò ebrea per non abbandonare una signora anziana affidata alle sue cure. I 1023 deportati furono avviati ad Auschwitz. Soltanto 16 di loro, 15 uomini e una donna, sopravvissero allo sterminio.